Płk Filipowicz nie poszedł do niewoli. Podjął pracę konspiracyjną w Służbie Zwycięstwu Polski, przemianowanej w styczniu 1940 r. na Związek Walki Zbrojnej, a w lutym 1942 r. na Armię Krajową.
Używał pseudonimów „Kogan", „Róg" i „Pobóg". Był pierwszym komendantem Okręgu Kraków, gdzie przez ponad rok organizował siatkę podziemnego wojska. W kwietniu 1941 r. został aresztowany, ale nie rozpoznany. Wszelako gestapowcy podejrzewali, że mają do czynienia z kimś ważnym.
Podczas kolejnego przesłuchania zbili go do nieprzytomności. Polscy lekarze-więźniowie, chcąc go ratować, orzekli, że nie żyje. W stosie trupów przewieziono go do kostnicy, gdzie nagi leżał całą noc nim odzyskał przytomność.
Pierwszej pomocy udzielił mu dozorca kostnicy, przynosząc ubranie i zawiadamiając przyjaciół. Niezupełnie wyleczony z ciężkiego zapalenia płuc (rezultat zimnej nocy w kostnicy), we wrześniu 1941 r. objął dowództwo Obszaru Białystok, ale funkcję tę pełnił tylko do grudnia. Niewyleczony, wycieńczony pracą w trudnych warunkach i zatruty papierosami zachorował na otwartą gruźlicę.
Przez wiele miesięcy pozostawał w rezerwie Komendy Głównej Armii Krajowej. W uznaniu dotychczasowych zasług z dniem 15 sierpnia 1942 r. otrzymał nominację na generała brygady. Ale nie było już mowy o podjęciu służby.
Komenda Główna umieściła go w sanatorium gruźliczym
w Otwocku
pod nazwiskiem Pszczółkowski.
Częściowo w sanatorium lub w domach prywatnych
doczekał końca wojny w maju 1945 r.
Zmarł 14 sierpnia 1945 r.
na skutek wylewu krwi (rak płuc od przewlekłej gruźlicy).
Pochowany został w skromnej mogile
w kwaterze VIII cmentarza otwockiego.
Był odznaczony m.in. Orderem Virtuti Militari 4 i 5 kl., Krzyżem Niepodległości, dwukrotnie Krzyżem Walecznych i Złotym Krzyżem Zasługi.
Od dnia 28 września 1990 roku
Szkoła Podstawowa nr 8 w Otwocku
nosi imię byłego dowódcy
Wołyńskiej Brygady Kawalerii
Gen. Juliana Filipowicza.